La Iglesia de San Juan es una de las más antiguas de la ciudad, se calcula que fue construida durante la segunda mitad del siglo XI sobre una antigua mezquita.
En el siglo XVIII, en su cripta fueron encontrados los restos de un cementerio romano. Esto sirvió como prueba para determinar que allí estaba una de las puertas de la muralla romana, ya que estas fortificaciones tenían cuatro puertas y a las afueras de cada una de ellas se localizaba un cementerio.
Durante el siglo XIX la iglesia se sumió en el abandono y durante la Guerra Civil se dañó su arquitectura gravemente. En ese momento se adecuaron sus criptas funerarias para usarlas como refugio anti-aéreo y en sus dependencias se instaló la emisora de "Radio Telégrafos", que era dirigida por la Andalucía republicana, que tenía la misión de interferir las emisiones de Radio Sevilla.
En 1952 la Iglesia de San Juan, en cuyo interior se ubica la parroquia de San Pedro, fue declarada en ruina. Entonces se trasladó el culto al Real Monasterio de Santa Clara. El interior fue demolido y sustituido por una estructura de hormigón. Ese nuevo templo, que carecía completamente de relevancia arquitectónica, fue abierto al culto el 29 de mayo de 1956.
Ya en la década de 1980, con la intención de mejorar el aspecto del templo, se realizaron obras que buscaron armonizar el conjunto arquitectónico con su indudable relevancia histórica.
Qué ver en Jaén