La historia de esta parroquia arranca en 1288 cuando los Padres Mercedarios se instalaron en la región después de la reconquista. Fue esta orden la que comenzó la construcción del convento en 1580. La iglesia es una construcción posterior. Sus obras iniciaron recién en 1727.
A causa de la desamortización, en 1836 el convento tuvo que ser abandonado por los frailes. Durante un tiempo el edificio fue utilizado como fábrica de tejidos y sederías.
Después, el Cabildo lo recuperó y el edificio una vez más se transformó en lugar de culto, transformado en auxiliar del Sagrario. Así fue hasta que en 1865 Los Misioneros Hijos del Corazón de María se hicieron cargo del templo.
El 20 de julio de 1936 fue un día negro para el convento, que fue asaltado por milicianos que asesinaron a cinco religiosos claretianos. Después el templo estuvo ocupado y fue usado como asilo para refugiados de guerra.
Ya en 1970 vuelve a ser declarada parroquia, recibiendo el nombre de Nuestra Señora de la Merced.
El convento y la iglesia están ubicados frente a la la Plaza de la Merced. Frente a esta también se levanta un conjunto renacentista magnífico, compuesto por el Palacio de los Quesada-Ulloa y la Fuente Nueva, que fue construida en el siglo XVI y cuya función principal era abastecer a los vecinos de los barrios Santa María y San Lorenzo.
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